Sumber Genomik untuk tujuan komersial flatfish Senegal Sole (Solea senegalensis) : EST Sekuens, Desain Oligo Microarray dan Pengembangan Platform Bioinformatic Soleamold
Ikan flatfish seperti ikan Senegal (Solea Senegalensis) merupakan ikan yang memiliki nilai komersial tinggi untuk Budidaya Perairan di wilayah Eropa Selatan. Namun pengelolaannya terhambat karena kurangnya informasi tentang fisiologis mekanisme yang terlibat pada genom yang terbatas pada spesies ini. Proyek Pleurogene™ adalah sebuah proyek inisiatif yang didanai oleh Genome Spanyol dan Genome Kanada dengan tujuan untuk meningkatkan pemahaman proses fisiologis evolusi yang mempengaruhi reproduksi dan perkembangan larva dan kelangsungan hidup ikan Senegal dilingkungan alam atlantik dan pada lingkungan budidayanya. Proyek ini telah mengembangkan alat riset genomic dan proteokimia untuk membantu tujuan ini.
Program BLAST2GO merupakan salah satu program yang menggunakan BLAST untuk menggunakan homolog urutan input dan ontology ekstrak gen. Kata GO dalam program BLAST2GO merupakan istilah untuk menjelaskan urutan query yang memberikan penilaian dari proses biologis, fungsi molekul dan kompartemen selular yang diwakili.Penggunaan pendekatan genomic fungsional juga dapat diterapkan terhadap penemuan gen baru dan genetic jalur dengan penentuan lokasi selular ekspresi gen menggunakan ISH.
Dengan mengembangkan berbagai sumber bioinformatika kini telah dihasilkan sumberdaya genomic baru untuk jenis ikan flatfish. EST survey selain memberikan kontribusi pada karakterisasi gen ikan yang tidak diketahui, juga berguna untuk mengidentifikasi tanda molekuler untuk masa studi genetic pada Senegal tunggal serta memberikan probe untuk studi lokalisasi ISH. DNA microarray dapat digunakan untuk investigasi lebih lanjut proses fisiologis dan ekologis yang relevan terhadap regulasi transkripsi tentang Solea senegalensis.
jurnal selengkapnya dapat dilihat disini
OLEH: Rizki Andika Putri
26010210110034
