RESUME ABOUT BIOINFORMATICS AQUACULTURE

Sumber Genomik untuk tujuan komersial flatfish Senegal Sole (Solea senegalensis) : EST  Sekuens, Desain Oligo Microarray dan Pengembangan Platform Bioinformatic Soleamold

Ikan flatfish seperti ikan Senegal (Solea Senegalensis) merupakan ikan yang memiliki nilai komersial tinggi untuk Budidaya Perairan di wilayah Eropa Selatan. Namun pengelolaannya terhambat karena kurangnya informasi tentang fisiologis mekanisme yang terlibat pada genom yang terbatas pada spesies ini. Proyek Pleurogene™ adalah sebuah proyek inisiatif yang didanai oleh Genome Spanyol dan Genome Kanada dengan tujuan untuk meningkatkan pemahaman proses fisiologis evolusi yang mempengaruhi reproduksi dan perkembangan larva dan kelangsungan hidup ikan Senegal dilingkungan alam atlantik dan pada lingkungan budidayanya. Proyek ini telah mengembangkan alat riset genomic dan proteokimia untuk membantu tujuan ini.

Program BLAST2GO merupakan salah satu program yang menggunakan BLAST untuk menggunakan homolog urutan input dan ontology ekstrak gen. Kata GO dalam program BLAST2GO merupakan istilah untuk menjelaskan urutan query yang memberikan penilaian dari proses biologis, fungsi molekul dan kompartemen selular yang diwakili.Penggunaan pendekatan genomic fungsional juga dapat diterapkan terhadap penemuan gen baru dan genetic jalur dengan penentuan lokasi selular ekspresi gen menggunakan ISH.

Dengan mengembangkan berbagai sumber bioinformatika kini telah dihasilkan sumberdaya genomic baru untuk jenis ikan flatfish. EST survey selain memberikan kontribusi pada karakterisasi gen ikan yang tidak diketahui, juga berguna untuk mengidentifikasi tanda molekuler untuk masa studi genetic pada Senegal tunggal serta memberikan probe untuk studi lokalisasi ISH. DNA microarray dapat digunakan untuk investigasi lebih lanjut proses fisiologis dan ekologis yang relevan terhadap regulasi transkripsi tentang Solea senegalensis.

jurnal selengkapnya dapat dilihat disini

OLEH: Rizki Andika Putri

26010210110034

BIOINFORMATIKA PADA BIDANG AKUAKULTUR

Kulanuwuun . ,

Dimalam tahun baru ini saya curahkan waktu,pikiran n tenaga terakhir saya ditahun 2011 dengan membuat tugas mata kuliah Teknologi Informasi dari Pak Ristiawan (sebenernya disamping karena ga boleh keluar malem sama ortu n daripada liat kembang api atau ikutan orang’’ yang pada keliaran dijalan’’ nyumet mercon, mending jam’’ terakhir tahun ini dimanfaatkan sebaik’’nya . ,ya gaak ? ? ? ^^)

#lhakokcurhat???==’’

Tugas saya kali ini adalah menjabarkan tentang penerapan Bioinformatika di dalam akuakultur . Yang jadi pertanyaan sekarang ini, apa sih peran Bioinformatika didalam Bidang Aquaculture . . . ,Maka dari itu alangkah baiknya kalau kita perlu mengetahui lebih dulu APA SII BIOINFORMATIKA ITU . .  ???

   Bioinformatika itu adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

PENERAPAN BIOINFORMATIKA PADA BIDANG AKUAKULTUR

     Pada jurnal yang saya dapatkan dengan judul ‘’APLIKASI TRANSFER GEN DALAM AKUAKULTUR’’ dapat saya simpulkan bahwa banyak sekali keuntungan yang didapatkan dari penerapan bioinformatika pada bidang akuakultur . Salah satunya yang dibahas dalam jurnal yang dapat diakses di sini  adalah dapat dilakukannya teknologi transfer gen pada spesies-spesies ikan yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Dalam jurnal ini dibahas mengenai ulasan transfer gen yang umum dilakukan, persistensi, dan ekspressi dari gen yang ditransfer, serta aplikasi dan prospek kedepan dalam bidang akuakultur.

            Pada dasarnya ikan yang telah mengalami transfer gen pada tubuhnya mempunyai keunggulan seperti peningkatan pertumbuhan. Pada percobaan yang dilakukan terhadap ikan salmon dengan menggunakan kontruksi gen “all-fish” yang mengandung protomer dari ocean pout protein antibeku digabung dengan Chinook salmon GH cDNA memberikan hasil pada salmon dewasa kecepatan tumbuhnya mencapai 3-5 kali lebih tinggi dibandingkan dengan control-non trasgenik.

 Ikan salmon urutan kedua dari atas merupakan ikan salmon transgenik yang terlihat besar ukurannya,sedangkan dua sisanya merupakan ikan non transgenik dengan keempat-empatnya berumur sama dengan laju pertumbuhan yang sama sekali berbeda.

NAMA : RIZKI ANDIKA PUTRI

NIM : 26010210110034

PRODI : BUDIDAYA PERAIRAN

SIG dan Penginderaan Jarak Jauh

RESUME JURNAL

PENGGUNAAN PENGINDERAAN JAUH DAN INFORMASI GEOGRAFIS DALAM PENGELOLAAN PERIKANAN TANGKAP SKALA KECIL BERKELANJUTAN

Oleh : Rizki Andika Putri
26010210110034

             Indonesia merupakan Negara kepulauan dengan jumlah penduduk terbesar kelima didunia. Oleh karenanya sebagian besar penduduk banyak yang tergantung pada sumberdaya dari laut, terutama sumberdaya ikannya. Namun, potensi sumberdaya ikan belum begitu besar (6,26 juta ton per tahun) sampai saat ini belum dimanfaatkan secara optimal dan lestari (baru mencapai 3,68 juta ton atau 58,80 %) akibat pengelolaan sumberdaya ikan yang krang terpadu. Perikanan skala kecil di Indonesia harus mendapatkan perhatian lebih serius karena jumlahnya yang mendominasi lebih dari 70%. Akibat kondisi pengetahuan nelayan yang masih rendah akan mendorong tekanan penangkapan yang berlebihan (overfishing) terhadap sumberdaya ikan di perairan, khususnya perairan pantai.

            Berkaitan dengan lokasi penangkapan yang dilakukan, maka dapat diketahui bahwa ikan yang ditangkap nelayan kehidupannya sangat bergantung pada tiga ekosistem utama pesisir, yaitu hutan mangarove, padang lamun, terumbu karang. Ketiga ekosistem ini mempunyai peranan besar bagi manusia baik langsung maupun tidak langsung. Mangerove dan terumbu karang melindungi pantai terhadap erosi. Lamun dan mangerove sebagai tempat melangsungkan perkawinan, bertelur, menetaskan, memelihara anak bagi berbagai macam spesies. Banyak spesies laut yang melakukan migrasi secara teratur antara mangrove dan terumbu karang seperti hiu dan kuda laut. Dengan demikian apabila salah satu saja ekosistem tersebut terganggu maka akan berdampak buruk bagi ekosistem lainnya. Oleh karena itu, untuk keperluan pengelolaan, maka informasi yang lengkap mengenai status sumberdaya ini sangat diperlukan.

            Penginderaan jauh dan SIG telah digunakan dalam studi ekosistem pesisir penting yaitu mangrove, padang lamun, dan terumbu karang. Contoh penerapan yang telah dilakukan oleh India yaitu data warna air laut disediakan setiap 2 hari oleh lembaga IRS P4 Ocean Colour Monitor (OCM). Data kandungan klorofil dan suhu permukaan air laut yang didapat dari OCM dan NOAA AVHRR diintegrasikan dan dipergunakan untuk prakiraan perikanan untuk memperoleh data keberadaan ikan secara lebih akurat. Data warna laut memberikan informasi ketersediaan makanan dalam kolom air. Suhu permukaan air laut (SPL) menggambarkan keadaan lingkungan laut. Telah diamati pada banyak titik bahwa boundaries/fonts/gradients dari klorofil dan SPL merupakan lokasi yang ideal bagi berkumpulnya ikan yang merupakan indikasi terjadinya penggabungan antara proses biologis dan fisik. Prakiraan ini valid selama tiga hari dan diperbaharui setiap dua hari sekali.

            Suatu tantangan yang penting dalam pengelolaan ekosistem secara berkelanjutan adalah penggunaan SIG dalam mengintegrasikan data yang berasal dari ekologi, geografi, sosiologi, dan disiplin yang lain. Contohnya penelitian dalam bidang biokompleksitas, entobiologi, demografi, sosiologi, dan ekonomi yang secara tidak langsung berasosiasi dngan penggunaan inderaja dan SIG, meskipun demikian sering dapat diintegrasian ke dalam data dasar spasial.

            Sebenarnya teknologi SIG dan inderaja menghadirkan alat penting yang dapat digunakan untuk menilai secara tepat pengukuran kualitas air, pembuatan data dasar, memaduka informasi, memvisualisasi skenario dan dapat pula memecahkan masalah polusi lingkungan yang rumit. Kendala yang paling umum dijumpai adalah citra yang diperoleh seringkali tidak bagus karena banyaknya awan terutama didaerah tropis. Pemanfaatan di Indonesia juga terhambat karena belum adanya kerjasama yang baik diantara sesama stakeholders terkait.  

dan ini jurnal asli dapat didownload disini

Tugas ringkasan Ilmiah mengenai bioinformatika

Disini

Peran Database NCBI dalam Mendukung Penelitian

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed/ Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP. 

Berikut penjelasan mengenai beberapa menu yang disediakan :

A. BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

1.  nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2.  protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein 
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame. 
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

B.Pubmed

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central. PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.

Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed. 

C.Gene

Pasokan gen spesifik koneksi di perhubungan peta, urutan, ekspresi, struktur, data fungsi, kutipan, dan homologi. Pengidentifikasi unik yang ditugaskan untuk gen dengan urutan mendefinisikan, gen yang dikenal dengan posisi peta, dan gen disimpulkan dari informasi fenotipik. Ini pengidentifikasi gen yang digunakan di seluruh database NCBI dan dilacak melalui update penjelasan. Gene mencakup genom diwakili oleh Urutan Referensi NCBI (atau RefSeqs) dan terintegrasi untuk mengindeks dan query dan pengambilan dari NCBI Entrez dan E-Utilitas sistem.

sumber :http://www.ncbi.nlm.nih.gov

                  http://id.shvoong.com

coba yaaa

Ehm... Halowww...

^_^